Panitia pembangunan Masjid Indonesia Tokyo (atau sejak dahulu dikenal dengan Panitia Pembangunan Masjid Meguro) telah berdiri sejak tahun 1999. Dengan berjalannya waktu, tantangan-tantangan yang dihadapi pada tiap tahun selalu bervariasi sehingga penting untuk memahami perjalanan kepanitiaan hingga saat ini. Perjalanan kepanitiaan dari awal berdiri hingga sekarang dapat dilihat pada tabel berikut
| 1999 | Kepanitiaan Masjid Meguro pertama kali dibentuk Aspirasi dari masyarakat, fokus pada pengumpulan dana swadaya |
| 2009 | Restrukturisasi kepanitiaan masjid meguro Total dana 10 tahun (1999-2009): ±2.000.000 Yen Harapan percepatan pembangunan Pengumpulan dukungan dan dana secara masif |
| 2010 | Dukungan dari Dubes RI: Bapak Muhammad Lutfi Terbitnya Letter of Endorsement (3/12/2010) |
| 2011 | Letter of Endorsement dari (JMA) Japan Muslim Association (3/3/2011) Dukungan dari Wakil Presiden Republik Indonesia, Bapak Budiono Kucuran dana dari kantor wakil presiden RI: 4.126.414 yen (30/12/2011) Dukungan Moril dari Bapak Jusuf Kalla saat berkunjung ke Tokyo (/12/2011) |
| 2012 | Dukungan dari Presiden Republik Indonesia, Bapak Susilo Bambang Yudhoyono Kucuran dana dari kantor presiden RI : 8.334.330 yen (25/05/2012) |
| 2013 | Studi kelayakan komprehensif (jama’ah, aksesibilitas, anggaran) Kesimpulan: lokasi terbaik untuk pembangunan masjid adalah di SRIT |
| 2014 | Desain skematik arsitektural masjid dikembangkan sesuai dengan aturan pembangunan pemerintah Tokyo |
| 2015 | Izin pembangunan masjid di SRIT telah disetujui oleh Kemenlu dan BKS selaku pengelola SRIT Pemilihan desainer dan penentuan desain masjid |
| 2016 | Penyelesaian desain teknik bangunan masjid dan perizinan kepada pemerintah lokal dan warga sekitar. Pemilihan dan penandatanganan kontrak perusahaan konstruksi Konstruksi dimulai bulan Juni 2016 |
Hasil studi kelayakan lokasi yang telah dilakukan panitia sejak 2013 secara komprehensif menyimpulkan bahwa Masjid Indonesia Tokyo dapat bermanfaat secara optimal apabila dibangun di wilayah SRIT. Selain itu juga izin pembangunan telah didapatkan oleh panitia melalui pengurus BKS (Badan Koordinasi Sekolah) selaku pengelola SRIT, serta izin dari Kemenlu selaku pemilik tanah di SRIT. Proses selanjutnya yang akan dilakukan panitia adalah memulai membangun dan pengumpulan dana secara lebih gencar.